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理由については、いくつかあげられるのですが・・・

・カスタマイズ用スクリプトは多数存在している為、それらを全て、配布した全てのテンプレートで管理人が試したり把握するのには無理がある。

・スクリプトは、当ブログが配布しているものではない為。

・管理人がjavascriptを理解しない為。

など、でしょうか・・・。

他には、主なカスタマイズ場所である、サイドバー部分については、皆さん、プラグインをご利用されているはずだと思うのですが、その場合は、実際にカスタマイズする場所は主にプラグイン内のＨＴＭＬ部分だと思うので、（こちらは、テンプレートのＨＴＭＬ部分には記述していない部分になります。）配布元の関知するところでは無いという・・・スミマセン(^^;)

ただ、スタイルシートについては、多少、テンプレート（スタイルシート）で操っていますが、そちらについては、プラグイン内にディフォルトで入っている内容に合わせて書いてある、という事でご理解いただきたいと思います。
個々の様々なカスタマイズを想定して書くのには無理があるという事で(^^;)

しかし、あまり突き放した事を言っても何ですから、少しばかりアドバイスを。
とは言っても、他ブログのツリー化のカスタマイズをやった時の経験談ですから、今現在配布されているスクリプトには、関係が無い事かもしれませんが。

・カスタマイズの際には、必ず、ＦＣ２のテンプレート機能一覧を開き、変数の機能を確認する。

・カスタマイズにより、新たに設置するＩＤやクラスが、すでにテンプレート内（ＨＴＭＬ）に存在している名前ではないか、必ず確認をする。
（こちらの場合は、場合によっては、テンプレートよりも、実際に出力されたブログのソースを直接確認された方が良いかもしれません）

・カスタマイズにより、ＩＤ名やクラス名をリネームした場合は、ＩＤやクラスのスタイルを必要に応じて、テンプレート内（スタイルシート）を書き換える。

以上そんな事ぐらいしか、アドバイスが出来ないので、本当に申し訳ありません。